Sinh ra ở Manipur, Thounaojam từng nằm trong Minerva Punjab youth team. After the Giải vô địch bóng đá U-17 thế giới, Thounaojam được lựa chọn thi đấu cho Indian Arrows, một đội bóng thuộc All India Football Federation bao gồm các cầu thủ U-20 Ấn Độ để họ có thời gian chơi bóng, cho mượn từ Minerva Punjab.[1][2] Anh có màn ra mắt cho cho đội bóng ở trận đầu tiên của Arrow trong mùa giải trước Chennai City. Anh đá chính và thi đấu cả trận và Indian Arrows giành chiến thắng 3–0.[3]